Nació en la capital de Perú en 1942, hija de Tomás Allende quien fue un importante diplomático y Francisca Llona, una mujer de la clase media alta chilena.
En 1945 se rompe el matrimonio de sus padres y la pequeña Isabel se muda con su mama a Santiago de Chile, donde crece también bajo la compañía de su abuelo. Unos años después doña Francisca se casa nuevamente con un diplomático, por lo que viven en Bolivia y en Beirut durante algunos años.
Transcurría el año 1058 cuando la joven Isabel regresa a Chile, en ese tiempo conoce a quien en 1962 se convierte en su primer esposo y un año después nace su hija Paula.
Allende consigue un cargo en la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación, por lo que durante los dos años siguientes vive en Bruselas y Suiza. De regreso a Chile, en 1966, nace su hijo Nicolás.
Aunque la genialidad de su pluma la acompañó desde muy joven, pues inicialmente se dedicó a la escritura de obras de teatro y la literatura para niños, esta pluma tuvo que esperar hasta los 40 años de edad para alcanzar la fama que pocas escritoras han tenido en el conteniente.
No fue sino hasta el año 1982 cuando publicó la Casa de los Espíritus, una obra que se convirtió inmediatamente en best-seller en varios países de habla hispana.
Esta novela fue una gran sorpresa para la crítica literaria de su tiempo, especialmente por el manejo que hace de los sucesos que sirvieron de preludio al golpe militar de Augusto Pinochet contra el gobernante Salvador Allende (tío de Isabel). El éxito editorial de esta publicación traspasó las barreras de los géneros y fue adaptada al cine por Bille August en el año 1993.
Luego de la resonancia que alcanzó aquella publicación deslumbrante, la escritora tuvo que enfrentarse al desafío de todo escritor después de escribir una gran novela: escribir otra que no decepcionara a los lectores que había ganado. Y lo hizo.
No solamente escribió una, sino una veintena que la colocan como una de las escritoras vivas más importantes del mundo. Su obra ha sido traducida a 27 idiomas y hoy día cuenta con millones de lectores a nivel mundial, quienes esperan por cada novedad editorial suya.